Sakuraba Ittoki menjalani kehidupan sekolahnya di SMP Iga dengan normal, layaknya siswa pada umumnya. Memiliki paras wajah yang cakep dan kepintaran di atas rata-rata, Ittoki merupakan salah satu siswa yang dikenal oleh para gurunya.
Sayangnya, kehidupan normal Ittoki berubah setelah ia mendapatkan penyerangan dan percobaan pembunuhan oleh seseorang. Usut punya usut, Ittoki rupanya merupakan pewaris atau keturunan sah dari klan Ninja Iga.
Mengetahui hal tersebut, ibunya yakni Sakuraba Yumika memilih untuk mengirim anaknya tersebut ke sebuah akademi Ninja, yaitu Ninjutsu Gakuen. Memiliki lingkungan yang berbeda dengan sekolahnya dulu, Ittoki harus beradaptasi secepat mungkin.
